После того как со дна реки Днепра подняли Запорожскую Чайку, подводные археологи продолжили изучать дно. Весной 1999 года, в результате сброса вода с плотины Днепрогэса была смыта часть берега острова Хортицы. В этот период времени были обнаружены останки крупного судна. На дне реки находилось множество остатков частей корабля: кормовые шпангоуты, доски обшивки, ступеньки корабельной лестницы. В мутной воде очень выделялись контуры пера руля длиной около четырех метров с обрывками канатов и с железными кольцами. Чуть дальше подводные археологи обнаружили перевернутый корпус судна, которому принадлежал этот руль. Оно лежало на глубине около двенадцати метров на левом борту и напоминало огромного кита вынесенного на берег – шпангоуты и бимсы выглядывали из песка, словно ребра великана. От судна сохранилось только 40% корпуса, но оно находилось в хорошем состоянии. Одна из частей корпуса находилась под слоем песка на глубине около пяти метров.

Археологи произвели обмеры судна и сопоставили их с чертежами из архива петровских времен и пришли к выводу, что это запорожская бригантина, и она является одним из самых крупных судов Днепровской флотилии. На протяжении нескольких следующих лет исследования показали, что после «расконсервации» судно начало активно разрушаться от воздействия внешних факторов. Необходимо было срочно спасать реликвию.

В этот период в Запорожье был известный музыкант и дайвер Андрей Макаревич. Он очень заинтересовался данной находкой и летом 2003 года пригласил съемочную группу телеканала ОРТ и снял фильм об уникальной находке на дне реки Днепр. После того как Андрей Макаревич погрузился в воды Днепра и прикоснулся к кораблю, он был поражен находкой и огорчен той мыслью, что ее в скором времени можно потерять.

В 2003 году была создана организация "Запорожская Бригантина", где президентом был выбран Макаревич. Благодаря его усилиям были найдены денежные средства для проекта поднятия и консервации судна. В истории Украины данный проект был самой крупной подводно-археологической экспедицией. Научными руководителями проекта стали Дмитрий Кабалия, Максим Остапенко и Валерий Нефедов. Над осуществлением проекта работали всего около двадцати археологов и аквалангистов. В распоряжение экспедиции были получены катер и плавкран, закуплено новое оборудование и снаряжение.

В феврале 2004 года начались работы. Зимняя видимость воды в реке, - до 10-15 метров предоставляла возможность произвести дополнительные обмеры судна, выполнить подводную съемку общего плана, а также изучить характер рельефа и грунта дна. На дне выставили реперы-ориентиры, к которым привязывались находки и выставлялись поисковые квадраты. Только после этого начались работы гидроэжектором по вымыванию и откачке грунта. Было совершено около 1,5 тыс. погружений под воду 20 археолагами-аквалангистами, «перелопачено» около 600 кв. метров дна. Бригантину смогли поднять и переместить к месту консервации. После проведения консервации, уникальный экспонат находится в отличном состоянии, процесс разрушения древесины остановлен.